Garsiausias avangardinio kino kūrėjas. Garsiausias pasaulyje avangardinio kino pradininkas, vadinamas „amerikietiškojo avangardo kino krikštatėviu“, didžiąją dalį gyvenimo gyvenantis Amerikoje. Jo darbas Amerikoje prasidėjo praėjus vos kelioms savaitės po imigracijos – J. Mekas pasaulį nustebino šiuolaikišku požiūriu į kiną. Jonas Mekas visada pabrėžia savo lietuvišką kilmę ir kartais grįžta į tėvynę.

Biografija
1944 m. su broliu Adolfu buvo suimti nacių ir 8-iem mėnesiam įkalinti priverstinių darbų stovykloje Vokietijoje. Po karo 1946–1948 m. studijavo filosofiją Mainz’o universitete, Vokietijoje.

1949 m. pabaigoje su broliu emigravo į JAV, apsistojo Bruklino rajone Niujorke. Praėjus dviem savaitėm po atvykimo pasiskolino pinigų, įsigijo 16 mm filmavimo kamerą ir pradėjo fiksuoti savo gyvenimo momentus. Gyvendamas Niujorko centre susidomėjo kaiminystės kino teatruose rodomais avangardiniais filmais ir 1956 m. pradėjo kurti savo filmus. J. Mekas tapo viena iš Amerikos avangardinio filmo vedančių personų, ir dirbo įvairiuose su filmo kuravimu susijusiuose darbuose.

1954 m. tapo žurnalo Film Culture redaktoriumi ir vadovu; 1958 m. pradėjo ir redagavo Movie Journal skyrių Village Voice žurnale; 1962 m. bendrai įkūrė The Film Makers’ Cooperative, o 1964 m. The Filmmakers’ Cinematheque, kuris palaipsniui išaugo į Anthology Film Archives, vieną didžiausių pasaulyje amerikiečių avangardinio filmo archyvų.

J. Mekas artimai bendravo ir dirbo su tokiais menininkais kaip Jurgis Mačiūnas, Andy Warhol, Nico, Allen Ginsberg, Yoko Ono, John Lennon ir Salvador Dalí.

2007 m. spalį J. Mekui Prezidentas Valdas Adamkus išimties tvarka suteikė Lietuvos Respublikos pilietybę.

2008 m. balandžio 1 d. už nuopelnus meno ir mokslo srityse Austrijos Menų komiteto sprendimu įteiktas aukščiausias Austrijos apdovanojimas – Pasižymėjimo ženklas. Jį įteikė Austrijos prezidentas Heinz Fisher. Gavęs šį apdovanojimą, J. Mekas taip pat tapo Austrijos Menų komiteto nariu.

Filmografija

Guns of the Trees (1962 m.)
Film Magazine of the Arts (1963 m.)
The Brig (1964 m.)
Award Presentation to Andy Warhol (1964 m.)
Report from Millbrook (1964–65 m.)
Hare Krishna (1966 m.)
Notes on the Circus (1966 m.)
Cassis (1966 m.)
The Italian Notebook (1967 m.)
Time and Fortune Vietnam Newsreel (1968 m.)
Walden (Diaries, Notes, and Sketches) (1969 m.)
Reminiscences of a Journey to Lithuania (1971–72 m.)
Lost, Lost, Lost (1976 m.)
In Between: 1964–8 (1978 m.)
Notes for Jerome (1978 m.)
Paradise Not Yet Lost (also known as Oona’s Third Year) (1979 m.)
Street Songs (1966/1983 m.)
Cups/Saucers/Dancers/Radio (1965/1983 m.)
Erik Hawkins: Excerpts from „Here and Now with Watchers“/Lucia Dlugoszewski Performs (1983 m.)
He Stands in a Desert Counting the Seconds of His Life (1969/1985 m.)
Scenes from the Life of Andy Warhol (1990 m.)
Mob of Angels/The Baptism (1991 m.)
Dr. Carl G. Jung or Lapis Philosophorum (1991 m.)
Quartet Number One (1991 m.)
Mob of Angels at St. Ann (1992 m.)
Zefiro Torna or Scenes from the Life of George Maciunas (1992 m.)
The Education of Sebastian or Egypt Regained (1992 m.)
He Travels. In Search of… (1994 m.)
Imperfect 3-Image Films (1995 m.)
On My Way to Fujiyama I Met… (1995 m.)
Happy Birthday to John (1996 m.)
Memories of Frankenstein (1996 m.)
Birth of a Nation (1997 m.)
Scenes from Allen’s Last Three Days on Earth as a Spirit (1997 m.)
Letter from Nowhere – Laiskas is Niekur N.1 (1997 m.)
Symphony of Joy (1997 m.)
Song of Avignon (1998 m.)
Laboratorium (1999 m.)
Autobiography of a Man Who Carried his Memory in his Eyes (2000 m.)
This Side of Paradise (1999 m.)
Notes on Andy’s Factory (1999 m.)
Mysteries (1966–2001 m.)
As I Was Moving Ahead Occasionally I Saw Brief Glimpses of Beauty (2000 m.)
Remedy for Melancholy (2000 m.)
Ein Maerchen (2001 m.)
Williamsburg, Brooklyn (1950–2003 m.)
Mozart & Wein and Elvis (2000 m.)
Travel Songs (1967–1981 m.)
Dedication to Leger (2003 m.)
Notes on Utopia (2003 m.) 30 min,
Letter from Greenpoint (2004 m.)
Lithuania and the Collapse of the USSR (2009 m.)